Исчезновение Юки Нагато

В параллельном мире, который не сильно отличается, живёт Юки Нагато, девушка, любящая книги и игры. Она руководит литературным клубом в средней школе, где также состоят её друзья - Рёко Асакура, девушка с излишней осторожностью, и Кён, вполне обычный парень. Хотя клуб и небольшой, Юки ценит спокойствие, которое она испытывает в компании своих друзей, особенно Кёна, в которого влюблена.

Однажды, холодным декабрьским днем, когда Юки шла домой, к ней подошла странная девушка, которая заставила её нарисовать на земле таинственные символы. Оказалось, что девушка, Харухи Судзумия - эксцентричная студентка из академии, которая верит в существование инопланетян, временных путешественников и экстрасенсов. Когда она и её друг Ицуки Коидзуми появляются в литературном клубе, они заявляют, что теперь являются его официальными членами.